انقلاب های ماتریکس - نئو خود را بین ماتریکس و دنیای واقعی گرفتار می یابد. در همین حال، صهیون در حال آماده شدن برای جنگ پیش رو با ماشین ها با شانس بسیار کمی برای بقا است. همکاران نئو تصمیم گرفتند تا او را از دست مرووینگیان آزاد کنند زیرا اعتقاد بر این است که او کسی است که به جنگ بین انسان ها و ماشین ها پایان خواهد داد. چیزی که آنها نمی دانند این است که تهدیدی از جانب شخص ثالث وجود دارد، کسی که قصد دارد هر دو جهان را نابود کند.