ماترا و پری‌هایش به ژاپن باز می‌گردند تا به انسان‌ها هشدار دهند که باید کیریو را به دریا بازگردانند، زیرا مردگان نباید برهم زده شوند. با این حال، گودزیلا هنوز زنده است و تهدیدی برای ژاپن محسوب می‌شود، و کیریو تنها دفاع باقی‌مانده کشور در برابر این هیولای عظیم است. داستان حول تلاش‌های انسان‌ها برای مقابله با گودزیلا و همزمان احترام به هشدار ماترا و جلوگیری از برهم زدن آرامش مردگان می‌چرخد. فیلم ترکیبی از اکشن، فانتزی و موضوعات محیط زیستی است که به روابط بین انسان‌ها و طبیعت پرداخته و پیام‌هایی درباره احترام به گذشته و موجودات ماورایی دارد.