در قرن 23، دریاسالار جیمز تی. کرک به عنوان مربی در آکادمی ستاره‌گان مشغول به کار است و احساس پیری می‌کند؛ احتمال حضور در کشتی خود، یو.اس.اس. انترپرایز—که اکنون به یک کشتی آموزشی تبدیل شده—در یک سفر دو هفته‌ای برای دانشجویان، او را احساس جوانی نمی‌بخشد. اما این سفر آموزشی وقتی جدی‌تر می‌شود که دشمن دیرینه‌اش خان نونیان سینگ—فاتح معروف از زمین در اواخر قرن بیستم—پس از سال‌ها تبعید ظاهر می‌شود. خان بعداً فاش می‌کند که سیاره ستی آلفا شش منفجر شده و مدار سیاره پنجم به یک پناهگاه شبیه به مریخ تغییر کرده است. او شروع به تصرف پروژه جنسیس، دستگاهی فوق‌سری که قدرت خلقت را در خود دارد، می‌کند و نقشه‌های ویرانی کامل کرک را در سر می‌پروراند.