سال 2034 میلادی. دو سال از زمانی که موتوکو کُساناگی بخش 9 را ترک کرده، می‌گذرد. توگوسا اکنون رهبر جدید تیم است که تعداد پرسنل آن به‌طور قابل توجهی افزایش یافته است. بخش 9 جدید و گسترش‌یافته با موجی از مسائل پیچیده در دنیای مجازی روبرو می‌شود...