مولدر و اسکالی باید در یک توطئه با دولت مبارزه کنند و حقیقت را در مورد استعمار بیگانگان زمین بیابند. پانزده هزار سال پيش از ميلاد مسيح: موجودي عجيب و ناشناخته به يک غارنشين حمله مي کند. دوران معاصر: پسر بچه اي در همان نقطه در شمال تکزاس به چاهي سقوط مي کند و به ماده اي سياه رنگ آغشته مي شود. مأموران ويژه ي FBI، «فاکس مالدر» (دوشوني) و «دينا اسکالي» (آندرسن)، پس از آگاهي از لاپوشاني مرگ پسر بچه به تحقيق در اين باره مي پردازند...