وقایع عجیبی زمانی رخ می‌دهند که یک زیردریایی آمریکایی توسط نیرویی مرموز در دریا نزدیک سواحل گوام نابود می‌شود. تنها آدمیرال تاشیبانای ژاپنی بود که مطمئن بود پشت این فاجعه چیزی جز پادشاه هیولاها، گودزیلا، نبوده است! پنجاه سال پس از حمله‌اش به توکیو در سال 1954، گودزیلا به طرز مرموزی به زندگی بازگشته تا ژاپن را نابود کند، و ژنرال تاشیبانا، که والدینش در پی فاجعه ناشی از هیولا کشته شدند، برای بازگشت او آماده بود تا از ژاپن در برابر یک فاجعه دیگر محافظت کند، اما توسط دولت ژاپن که قدرت گودزیلا را دست‌کم گرفته بودند، رد می‌شود. برای اثبات ادعای تاشیبانا، دخترش یوری که در برنامه خبری تلویزیونی “دیجیتال کیو” کار می‌کند، به تحقیق در مورد پدیده‌های عجیب در سه منطقه جداگانه در ژاپن می‌پردازد (که دو مورد از آن‌ها به مرگ جوانان فاسد مربوط می‌شود) و با مردی مرموز به نام ایسایاما ملاقات می‌کند که اعلام می‌کند گودزیلا تنها از ریشه‌های هسته‌ای معروفش ناشی نمی‌شود، بلکه ترکیبی از ارواح انتقامی است (از جمله ژاپنی‌ها و غیرژاپنی‌ها) که در جنگ اقیانوس آرام به حال خود رها شدند تا بمیرند و بنابراین، سلاح‌های عادی نمی‌توانند او را بکشند. در حالی که تاشیبانا اکنون توسط دولت تایید شده است، ایسایاما سه هیولای محافظ مقدس یاماتو را که در گذشته‌های دور از ژاپن محافظت می‌کردند و سپس در همان سه منطقه ذکر شده در ژاپن به خواب زمستانی رفته بودند، بیدار می‌کند. این سه هیولا، کینگ گیدورا (آسمان)، موترا (آب) و باراگون (زمین)، با گودزیلا که در حال ویران کردن است، می‌جنگند، در حالی که تاشیبانا خود را برای مبارزه با دشمن رادیواکتیو قدیمی‌اش آماده می‌کند…