ماداگاسکار - مارتی، گورخر بی حوصله و افسرده باغ وحش معروف پارک مرکزی که آرزوی پرسه زدن آزادانه در مناظر وسیع مادر آفریقا دارد، در شب جشن تولد دهمین سالگردش از زندان فرار می کند. با این حال، پس از یک تلاش ناموفق برای نجات توسط همراهان مارتی - الکس، شیر محتوا. ملمن، زرافه ی لگدمال، و گلوریا، اسب آبی مصمم - دوستان خود را در جعبه می بینند و به یک منطقه حفاظت شده حیات وحش دورافتاده می رسانند، اما در نهایت به سواحل شنی ماداگاسکار عجیب و غریب می رسند. بالاخره رویای مارتی محقق خواهد شد. با این وجود، واقعاً حیوان وحشی بودن به چه معناست؟