زمانی که جیکوب (آسا باترفیلد) سرنخ‌هایی از یک معما که دنیای مختلف و زمان‌های متفاوت را در بر می‌گیرد، کشف می‌کند، به مکان جادویی به نام خانه خانم پریگرین برای بچه‌های خاص می‌رسد. اما معما و خطرات بیشتر می‌شود وقتی که او با ساکنان آنجا آشنا می‌شود و از توانایی‌های ویژه آن‌ها و دشمنان قدرتمندشان می‌آموزد. در نهایت، جیکوب متوجه می‌شود که تنها “ویژگی خاص” خودش می‌تواند دوستان جدیدش را نجات دهد.