فصل دوم سریال *Ghost in The Shell: Stand Alone Complex* با فراخوانی بخش 9 برای بازگشت به کار آغاز می‌شود، پس از اینکه یک وضعیت گروگان‌گیری که برای حزب حاکم نگرانی ایجاد کرده، پلیس را ناتوان می‌سازد. تمام تیم به خط مقدم بازمی‌گردد: کوساناجی، باتو، توگوسا، ایشیکاوا، سایتو، پاز و بورما، با چهار عدد از تاکیکوماهای اصلی که پس از درگیری در قسمت 26 دوباره به حالت عملیاتی درآمده‌اند. وضعیت گروگان‌گیری آغازگر ظهور یک سلول تروریستی جدید است که شباهت زیادی به سلول‌های قبلی در تیترهای روزنامه‌ها دارد. "یازده فردی" که اعضای آن نه افراد هستند و نه به طور کامل به یازده نفر می‌رسند، تهدید جدیدی برای امنیت عمومی به شمار می‌روند. چگونه یک گروه تخصصی امنیت عمومی با دشمنی که بی‌چهره‌تر از "مرد خندان" است، در زمانی که بحران‌های سیاسی در حال افزایش است، مقابله می‌کند؟ تغییرات عمده‌ای که در این فصل نسبت به فصل اول وجود دارد شامل حزب حاکم جدید است که توسط نخست‌وزیر جدید کابایوکی هدایت می‌شود پس از برکناری قبلی در *GITS: SAC*، ساکنان ژاپنی که در میانه این مسائل گرفتار شده‌اند و مالیات‌هایی می‌پردازند برای شغل‌هایی که در دوران رکود اقتصادی از دست خواهند داد، و مهاجران آسیایی سرکوب‌شده "دعوت‌شده" از جنگ ویتنام دوم که به ژاپن آورده شده‌اند، در حالی که دولت در واقع به دنبال نیروی کار ارزان بوده و نه اقدامی بشردوستانه واقعی. و آیا "گوه‌دا" همان مرد مرموز است که به عنوان "سرپرست" جدید ظاهر می‌شود (نگران نباشید، آراکارکی هنوز رهبری گروه را بر عهده دارد) و به نظر می‌رسد که در برخی مأموریت‌ها دستوراتی را صادر می‌کند؟ او دستوراتی صادر می‌کند گویی که مسئول گروه است، اما هیچ وفاداری یا احترامی به دولت، ارتش یا بخش 9 ندارد.