Æon Flux یک قاتل مرموز است که برای Monicans، گروهی از شورشیان که در تلاش برای سرنگونی دولت هستند، کار می کند. هنگامی که او به ماموریتی برای کشتن رئیس فرستاده می‌شود، یک راز کاملاً جدید به وجود می‌آید