پس از یک ملاقات چشمان بازکن از نوع سوم، تازه‌ترین عضو سازمان مخفی Men in Black، مامور M، خود را تحت حمایت مامور H، قهرمان این سازمان، در لندن می‌یابد. زمانی که یک دو نفره تغییرشکل‌دهنده از آدمکش‌های بین‌کهکشانی یک نجیب‌زاده بیگانه را به قتل می‌رسانند. حالا، با یک سلاح فوق‌العاده و ویرانگر که در جایی از زمین مخفی شده، Men in Black هیچ سنگی را بی‌چرخ نخواهند گذاشت تا آن را بازیابی کنند. با این حال، ابرهای سنگین بدبینی و بوی خیانت، سازمانی که روزگاری غیرقابل فساد بود را فرا می‌گیرد. آیا یک جاسوس به‌خوبی جایگذاری‌شده در میان آنها وجود دارد؟