این داستان به دنبال اسکوبی‌دو و گروه میستری اینک است که در حال تحقیق درباره ناپدید شدن لیگ عدالت هستند. آن‌ها به طور معمول در حل معماهای مرموز و حل پرونده‌های پیچیده مهارت دارند، اما این بار با یک چالش بزرگ روبه‌رو هستند: ناپدید شدن ابرقهرمانان مشهور. در این داستان، گروه میستری اینک باید با مهارت‌های خود، سرنخ‌های پیچیده را دنبال کنند و کشف کنند که چه چیزی باعث ناپدید شدن اعضای لیگ عدالت شده است. این ماجراجویی می‌تواند شامل خطرات، پیچیدگی‌های خاص دنیای ابرقهرمانی و همکاری میان شخصیت‌های مختلف باشد تا حقیقت را کشف کنند.