وقتی بهترین دوستشان، اپریل اونیل، یک عصای باستانی با قدرت‌های جادویی را کشف می‌کند، لاک‌پشت‌های نینجا باید راهی ژاپن در قرن هفدهم شوند تا او را از چنگال شیطانی لرد نوریناگا نجات دهند. آن‌ها باید با شجاعت و مهارت‌های نینجای خود، این مأموریت پرخطر را به انجام برسانند.