داستان «دبیرستان مردگان» در زمان حاضر اتفاق می‌افتد و زمانی شروع می‌شود که جهان تحت تأثیر یک بیماری همه‌گیر مرگبار قرار می‌گیرد که انسان‌ها را به زامبی تبدیل می‌کند، و شخصیت‌های اصلی آن را به تعبیری «آنها» می‌نامند زیرا دیگر انسان به حساب نمی‌آیند. داستان گروهی از دانش‌آموزان دبیرستانی، پرستار دبیرستان و دختری جوان را دنبال می‌کند که در طی یک رویداد فاجعه‌بار جهانی به نام «شورگیری» در خیابان‌های مرگبار ژاپن در حال مبارزه هستند. گروه کانونی بازماندگان به رهبری تاکاشی کومورو، دانش‌آموز دوم، متشکل از شش نفر دیگر و یک سگ کوچک است و یک تیم گشتالت را با یک هدف ایجاد می‌کنند: زنده ماندن.