پنگوئن های ماداگاسکار - کاپیتان، کوالسکی، ریکو و خصوصی با سازمان مخفی The North Wind به نیروهای شرور دکتر اکتاویوس برین می پیوندند تا از نابود کردن جهان آنگونه که ما می شناسیم جلوگیری کنند.