چیزی جزیره تولد، خانه گودزیلا و گودزیلای کوچک را ویران کرده است و به زودی، کشف می‌شود که گودزیلا یک درخشش آتشین روشن پیدا کرده است که نشان‌دهنده این است که انرژی هسته‌ای او از کنترل خارج می‌شود. با ترس از این که گودزیلا به زودی منفجر شود، نیروی G سعی می‌کند او را منجمد کرده و دمایش را کاهش دهد. اما مشکل دیگری به وجود می‌آید، یک دسته از موجودات انسانی سایز که از ترکیب سلول‌های گودزیلا و سلاحی که اولین گودزیلا را نابود کرد، "تخریب‌کننده اکسیژن" تشکیل شده‌اند. حالا ارتش باید تلاش کند تا این موجودات را متوقف کرده و از وقوع یک ذوب هسته‌ای که می‌تواند جهان را نابود کند، جلوگیری کند.